Ačkoliv život Achetatonu byl vpravdě jepičí, město s širokými třídami lemovanými zahradami sehrálo rozhodující úlohu ve vývoji umění a myšlení a ovlivnilo i následníky kacířského krále. Po Achnatonově smrti nechal faraon Haremheb město zbořit, aby nezůstala jediná památka po pyšném městě, jehož hlavním zločinem byla snaha skoncovat s hermeticky uzavřeným náboženstvím, které stálo především ve službách všemocného Amonova kněžstva.

Piramesse – tyrkysové město (1292-1078 př.n.l.)

S hlavním městem velkého Ramesse II., Piramesse, zažil starý Egypt poslední roky slávy, než začal upadat a definitivně zanikl po dobytí Římany. Ještě než k tomu došlo, budovali si poslední faraoni nová hlavní města, jejichž úloha byla někdy vcelku důležitá.

Ramesse II. byl odhodlán čelit hrozbám, které představovali jeho nebezpeční asijští sousedé, zvláště Chetité. Za tímto účelem se rozhodl zřídit hlavní město v deltě Nilu. Přesné umístění Piramesse bylo dlouho předmětem kontroverzních diskusí. Piramesse bylo určitou dobu ztotožňováno s Tanidou nebo Avaridou. Dnes jsou však již egyptologové v názoru na jeho polohu jednotní – situují jej ke Kantíru, města ležící přibližně dvacet kilometrů od Tanidy. Z písemných nálezů a nalezených staveb víme, že Piramesse bylo okázalé město, plně zasvěcené slávě Ramesse II. a jeho vítězství nad nepřáteli. V tomto smyslu ho můžeme považovat za poslední „egyptské“ hlavní město Egypta.

Tanis (1078-715 př.n.l.)

Jméno Tanis představuje řeckou podobu staroegyptského pojmenování Džanet. V dnešní době se lokalita nazývá Sán el-Hagar. Město bylo metropolí dvou dolnoegyptských krajů – 14. a 19. faraoni 21. dynastie si za své hlavní město zvolili Tanidu v deltě, ležící nedaleko Piramesse. Panovníci se tu také nechávali pohřbívat v areálu Amon-Reova chrámu spravovaného Amonovými veleknězi, s nimiž udržovali úzké vztahy. Kromě panovníků byli na tomto prominentním místě pohřbíváni i tehdejší nejvyšší hodnostáři. Pohřebiště se nacházelo poblíž jižního okraje prvního pylonu, uvnitř chrámového okrsku.

Až dosud byly nalezeny 4 královské hrobky (Pinodžema I., Amenemopa, Osorkona II. a Šešonka III.), ale podle dochovaných seznamů panovníků jich lze očekávat až sedmnáct. Hrob Pinodžema I. byl nalezen intaktní a předměty pohřební výbavy jsou vystaveny v klenotnici káhirského Egyptského muzea. Tanis, která existovala již v období Staré říše, byla odjakživa díky blízkosti východních zemí prosperujícím městem. Přestože se jednalo o velké město, Tanis nikdy nedosáhla slávy Piramesse, stejně jako faraoni 21. dynastie nebyli nikdy tak proslulí jako Ramesse II. Tito severní panovníci již totiž neměli pod kontrolou jižní část údolí, která byla v rukou Amonova velekněze Hrihora a jeho následníků, absolutních pánů nad thébskou oblastí a Núbií.

Napatá (715-665 př.n.l.)

25. dynastie, tzv. núbijská, své hlavní město zřídila v Napatě, která se nacházela poblíž čtvrtého kataraktu v oblasti, kterou Egypťané nazývali Karu. Napatá byla dlouho považovaná za metropoli království Kuš, zejména v období Nové říše. Toto klíčové město ležící na karavanní cestě vedoucí z Núbie do Egypta se za vlády núbijských faraonů 25. dynastie stalo důležitým hlavním městem země. 25. dynastii založil černý faraon Pianchi poté, co porazil své libyjské protivníky ze severu. Téměř jedno století Napatá, rozkládající se na úpatí Gebel Barkal, který Egypťané označovali jako Čistou horu, vzkvétala jednak díky vzestupu nové núbijské dynastie, jednak díky své strategické poloze na karavanní cestě.

Napatá byla zasvěcena Amonovi, jehož kult sem byl přenesen z Théb (Vasetu) prchajícím kněžstvem, které se snažilo uniknout libyjské nadvládě Šešonka I., zakladatele 22. dynastie. V Napatě vyrůstaly typicky egyptské chrámy a pohřebiště. Nejpozoruhodnější stavbou byl Amonův velechrám, který nechal vybudovat Huj, místokrál království Kuš, již za vlády Tutanchamona. Pianchi byl prvním vládcem Napatý, jenž používal úplnou královskou titulaturu. Jeho záslužné skutky připomíná monumentální stéla v Amonově chrámu: „Opravil svatyni a nechal znovu vystavět ohradní zeď. Posléze před ní vybudoval sloupovou síň, kterou uzavřel druhým pylonem.“ Jednalo se o téměř dokonalou kopii chrámu v Karnaku, kterou později zvelebovali Pianchiho následníci, aby tak posílili svou autoritu.

Sais (665-525 př.n.l.)

Poslední zástupci núbijské dynastie nedokázali dlouho odolávat invazím Asyřanů. Byli vytlačeni do Núbie a postupně vyklízeli své pozice v severním Egyptě. Prastaré město Sais (egyptsky Sau, dnes Sá el-Hagar) bylo vystavěno v západní části delty již v archaickém období a svého vrcholu dosáhlo za vlády 26. dynastie založené Psammetikem I., který z města pocházel a povýšil jej na hlavní město Egypta poté, co s pomocí řeckých městských států porazil Asyřany. Neit, hlavní bohyně města, patřila mezi egyptská prvopočáteční božstva. Právě ona vymyslela látky a obinadla, jimiž se omotávala těla zesnulých. Tato matka světa byla rovněž spojována s válkou. Řekové jí později ztotožnili s Athénou. Město Sais zažilo nebývalý rozmach díky významné řecké komunitě, která faraony ze sajské dynastie podporovala.

Alexandrie (305-30 př.n.l.)

Po krátkodobém panování sajské dynastie se Egypt ocitl pod perskou nadvládou, která se protáhla na více než dvě stě let. Teprve po příchodu Alexandra Velikého a nástupu Ptolemaiovců na trůn se do země vrátila jednota a mír. Ptolemaiovci se usídlili v Alexandrii, kterou jako hlavní město založil Alexandr Veliký podle projektu svého oblíbeného architekta Demokrata Rhodského.

Alexandrie měla šachovnicový půdorys – tvořily ji široké třídy křížící se v pravém úhlu, čímž se zásadně lišia od ostatních egyptských měst. Více než kde jinde tu byl patrný řecký vliv. Alexandrie se rychle stala nejdůležitějším městem Středomoří, proslulým svými paláci, chrámy řeckého typu, knihovnou a slavným majákem vybudovaným na ostrově Faros. Alexandrie byla posledním hlavním městem Egypta. Po pádu Ptolemaiovců se totiž Egypt stal jednou z provincií Římské říše a podléhal novému hlavnímu městu světa – Římu.