Druhé přechodné období je definováno rozdělením Egypta – rozpadnutím Obou zemí. Na jeho začátku došlo k opuštění rezidence v Lištu, ležící 32 km jižně od Memfidy (Mennoferu), a přenesením královského dvora a sídla vlády do Théb (Vasetu). Konec období nastal dobytím hlavního města hyksóských králů v Avaridě ve východní deltě Ahmosem, králem Théb (Vasetu).

Opětovné sjednocení Egypta, jehož Ahmose dosáhl, nebylo přerušeno po dalších 400 let. Tyto dvě události dělí přibližně 150 let. Posledním faraonem sídlícím v Lištu byl pravděpodobně Merneferre Aj (asi 1695 – 1685 př.n.l.), protože byl posledním panovníkem 13. dynastie (podle seznamu králů uvedeného na Turínském papyru), který zanechal nápisy na památkách v Horním i Dolním Egyptě. Dobytí Avaridy můžeme datovat mnohem přesněji, mezi osmnáctý a dvaadvacátý rok vlády Ahmose, tedy v rozmezí let 1532 – 1528 př.n.l.

Problém písemných pramenů

Mimořádný problém představují písemné prameny, a to svou četností spíše než nedostatkem. Velké obtíže však činí také začlenění toho co nám říkají do archeologických důkazů. Mohou být rozděleny do šesti kategorií:

  1. seznamy králů, z nichž je nejpodrobnější hieratický papyrus známý jako Turínský kánon (sestavený ze starších seznamů v Memfidě (Mennoferu) za vlády Ramesse II.)
  2. Manethonova Aegyptiaka, dějiny sepsané ve třetím století př.n.l., která se dochovala pouze ve fragmentech přejatých pozdějšími kronikami
  3. královské nápisy z této i z pozdější doby, psané jako “propaganda”
  4. dobové soukromé nápisy, zvláště “pohřební biografie”
  5. administrativní záznamya to jak veřejné tak i soukromé
  6. literární a vědecké texty, jako jsou papyrus Sallier I a Rhindův matematický papyrus

Tyto texty jsou vždy cenné, ale přinášejí zároveň mnoho nejasností, protože ty nejvýznamnější z nich, tedy královské nápisy, byly často vytrženy ze svého původního kontextu. Většina thébských královských stél byla nalezena, zničena či znovu použita v pozdějších stavbách a v Avaridě se žádný popsaný kamenný element v monumentálních cihlových stavbách hyksóských králů nedochoval ve své původní vrstvě.

Druhé přechodné období můžeme rozdělit na dvě části. V první (1797 – 1690 př.n.l.) se panovníkům pravděpodobně dařilo udržet hranice a zajistit bezpečnost země. Ve stejném období ale do delty – hustě osídlené zvláště Asiaty – pronikaly semitské, churritské a árské národy. Egypťané je označovali Hekauchasut (Vládci cizích zemí), což Řekové přeložili jako Hyksós. Usadili se v Avaridě, ze které učinili své hlavní město. Tato invaze spadá zhruba do doby vlády Neferhotepa I. (kolem roku 1720 př.n.l.). Příchodem Hyksósů začíná druhá část Druhého přechodného období.

Podle Manetha založil hyksóský král Šeši (Salitis) 15. dynastii a kolem roku 1650 př.n.l. se nechal korunovat v Memfidě (Mennoferu), kterou Hyksósové dobyli. Panovníci této dynastie ovládali celou deltu a zprostředkovaně spravovali i střední Egypt a díky své armádě a spojenectví s núbijskými veliteli mohli také sledovat Horní Egypt a vládce v Thébách (Vasetu). V zemi prosadili své tradice, rabovali chrámy, egyptskou civilizaci ale nezavrhovali. Přejali titulaturu, faraonskou okázalost i hieroglyfické písmo. Tato civilizace, která vládla v Egyptě po dobu dvou dynastií zanechala po sobě významné dědictví – vozy, bronzové zbraně a podpořila rozvoj vědy.